Chính phủ Uwilingiyimana của Habyarimana đã có một nhiệm vụ khó khăn là hoàn thành việc hòa giải thành công Hiệp định Arusha với Mặt trận Yêu nước Rwandese (RPF), phong trào du kích Tutsi. Một thỏa thuận giữa Habyarimana, năm đảng đối lập (được dẫn dắt bởi Uwilingiyimana) và RPF, cuối cùng đã đạt được vào ngày 4 tháng 8 năm 1993. Theo Hiệp định Arusha, MRND cầm quyền của Habyarimana sẽ nắm quyền tổng thống chuyển tiếp, và Thủ tướng sẽ là Faustin Twagiramungu từ MDR.[6]